耕地占补平衡制度改革以后，自然资源部门管数量，农业农村部门管质量。农业农村部门主要负责耕地质量调查评价、核算占用耕地的平均质量等级，对补充耕地质量进行审核、鉴定和验收。

广东省河源市2024年垦造水田项目因土壤重金属超标0.2mg/kg，被一票否决，成为全国首例因微污染被拒的占补平衡案例‌。

2024年2月5日，中共中央办公厅 国务院办公厅印发《关于加强耕地保护提升耕地质量完善占补平衡的意见》，就全力提升耕地质量提出不少新要求：

农业农村部要会同自然资源部出台补充耕地质量验收办法，完善验收标准，强化刚性约束。垦造和恢复的耕地要符合高标准农田建设要求，达到适宜耕作、旱涝保收、高产稳产标准且集中连片、可长期稳定利用，质量不达标的不得用于占用耕地的补充。

完善补充耕地后续管护、再评价机制，把补充耕地后续培肥管护资金纳入占用耕地成本。补充耕地主体要落实后续培肥管护责任，持续熟化土壤、培肥地力。

2024年9月30日，自然资源部 农业农村部印发的《关于改革完善耕地占补平衡管理的通知》（自然资发〔2024〕204号)提出：地方各级农业农村主管部门要按规定做好耕地质量调查评价工作，会同同级自然资源主管部门建立耕地质量等级数据库。县级自然资源主管部门及时提供各类占用和补充耕地地块信息，县级农业农村主管部门负责核算本区域年度各类占用和补充耕地的平均质量等级，按年度“算大账”方式明确耕地质量稳中有升的有关要求。市级、省级农业农村主管部门按要求分别对县级各类占用和补充耕地质量结果进行审核和复核。省级自然资源主管部门在分解明确市、县非农建设“以补定占”管控规模时，应会同同级农业农村主管部门明确报备补充耕地质量要求。

目前，有的省份已陆续出台相关具体规定。