（一）关于被告濮阳县清河头乡政府是否是赔偿主体？根据《国家赔偿法》第二条规定，国家机关和国家机关工作人员行使职权，有本法规定的侵犯公民、法人和其他组织合法权益的情形，造成损害的，受害人有依照本法取得国家赔偿的权利。本案中，被告濮阳县清河头乡政府拆除令普养殖场行为已经被确认违法，故令普养殖场有权就其损失向法院起诉要求濮阳县清河头乡政府予以赔偿。

（二）关于涉案建筑物、装修及附属物的赔偿数额？原告主张的建筑物、装修及附属物与被告提交的房屋实地查勘单所列项目一致，因原告在查勘单上签字确认，被告委托的评估机构具有资质，对豫信恒咨估字第2021001-1-14号评估清单、豫信恒咨估字第2021001-3-5号评估清单、豫信恒咨估字第2021001-3号评估清单认定的数额本院予以认可。被告应当赔偿的建筑物、装修及附属物的赔偿数额合计为413490元。

（三）关于室内物品损失数额？原告所列室内物品的清单较多，但经对照原告提交视频，显示拆除现场有床、床垫、褥子、被子及部分木质家具被损坏，清单中所列明的塑钢窗、防盗门均包括在评估清单装修项中，不再重复计入损失。关于其他项目如:山地赛 车、液化气罐、液化气灶、锅碗瓢盆、冰柜、饮水器、沙发、茶几、电脑、空调、冰箱、洗衣机、电视机、产床、发电机等均为可移动财产，原告录制视频中未显示除床、床垫、褥子、被子及部分木质家具以外其他物品因拆除行为造成损失，且村支书、村委委员在拆除前已通知过原告进行搬离，故对原告损坏室内物品损失本院酌情定为5000元。

关于死亡小猪、处理成猪、母猪流产损失数额。根据原告提供视频显示，仅有两头小猪死亡，原告未能举证其存在处理成猪、母猪流产损失事实，故本院认定其死亡小猪损失为2头×700元=1400元。

（四）关于搬迁费数额、停产停业损失？根据《中华人民共和国行政诉讼法》第三十八条第二款规定，在行政赔偿、补偿的案件中，原告应当对行政行为造成的损害提供证据。原告未提交纳税或免税证明；未提交证明该养殖场经营状况的财务往来票据或收支单据，但鉴于原告有合法营业执照且评估报告中已经将搬迁费用、停产停业费用计入评估数额，应当以评估报告豫信恒咨估字第2021001-3号建筑物及地上附着物评估清单序号6号中企业(养猪场)停产停业金额40166元，企业(养猪场) 搬迁补助费14460元，监控设施移装费200元，合计 54826元为准。

（五）关于生猪保健医药费用数额和其他损失？因生猪保健医药费用、当事人住院医疗费用、律师费、精神损失费、新猪场租金均不属于行政赔偿范围，本院不予支持。

根据《国家赔偿法》第二条、第四条第（四）项，《最高人民法院关于审理行政赔偿案件若干问题的规定》第十一条、三十二条之规定，判决如下：

一、被告濮阳县清河头乡政府赔偿原告濮阳县清河头乡令普养殖场损失474716元，于本判决生效之日起三十日内履行完毕；

二、驳回原告濮阳县清河头乡令普养殖场的其他诉讼请求。