第一、关于起诉期限。《最高人民法院关于适用<中华人民共和国行政诉讼法>的解释》第六十四条第一款规定：“行政机关作出行政行为时，未告知公民、法人或者其他组织起诉期限的，起诉期限从公民、法人或者其他组织知道或者应当知道起诉期限之日起计算，但从知道或者应当知道行政行为内容之日起最长不得超过一年。”本案中，被告在2022年7月13日对涉案土地上农作物实施强制清表行为，并未告知原告诉权，原告在2023年6月2日起诉没有超过法定起诉期限。

第二、关于适格被告。《行政诉讼法》第二十六条第一款规定：“公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，作出行政行为的行政机关是被告。”本案中，被告确认在2022年7月13日对涉案土地实施了强制清表行为，根据上述规定，是本案适格被告。

第三、被告主张实施清表前已经将征地综合补偿款支付给经济合作社，经济合作社也出具交地确认书，被告依法有权实施清表行为。根据《土地管理法实施条例》第三十二条第二款“地上附着物和青苗等的补偿费用，归其所有权人所有。”被告以已经向经济合作社支付土地补偿款为由对涉案土地上农作物进行清表的法律依据不足。

第四、《土地管理法实施条例》第六十二条规定“违反土地管理法律、法规规定，阻挠国家建设征收土地的，由县级以上地方人民政府责令交出土地；拒不交出土地的，依法申请人民法院强制执行。”本案中，虽然涉案土地被征收并签订征地补偿协议书，经济合作社出具交地确认书，但是责令交出土地拒不交出的，仍应根据上述规定依法申请人民法院强制执行。被告对涉案土地的农作物实施强制清表行为不符合上述规定。故，被告实施的被诉强制清表行为违法。

确认被告广州市黄埔区新龙镇政府于2022年7月3日对原告陈某位于黄埔区新龙镇镇龙村新围第四经济合作社旱岭地块内0.45亩水田上农作物实施强制清表行为违法。