（一）被告具有法定职责。《广州市违法建设查处条例》第四条第二款规定：“城市管理综合执法机关和镇人民政府分别负责查处街道、镇辖区范围内违反乡村建设规划管理的违法建设。”第二十条第三款规定：“……违法建设在街道辖区范围内的，由区城市管理综合执法机关责令停止建设、限期改正，逾期不改正的，依法强制拆除，街道办事处应当予以配合。”本案中，被告广州市黄埔区城市管理和综合执法局作为广州市黄埔区城市管理综合执法机关，对辖区内违法建设行为具有进行查处的法定职责。

（二）在城乡规划区内进行工程建设，应依法办理规划报建手续。《土地管理法》（1988年修正）第三十七条规定：“乡（镇）村建设应当按照合理布局、节约用地的原则制定规划，经县级人民政府批准执行。城市规划区内的乡（镇）村建设规划，经市人民政府批准执行。农村居民住宅建设，乡（镇）村企业建设，乡（镇）村公共设施、公益事业等乡（镇）村建设，应当按照乡（镇）村建设规划进行。”第四十六条规定：“城镇非农业户口居民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，责令退还非法占用的土地，限期拆除或者没收在非法占用的土地上新建的房屋。”《城市规划法》第三十二条规定：“在城市规划区内新建、扩建和改建建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程设施，必须持有关批准文件向城市规划行政主管部门提出申请，由城市规划行政主管部门根据城市规划提出的规划设计要求，核发建设工程规划许可证。建设单位或者个人在取得建设工程规划许可证件和其他有关批准文件后，方可申请办理开工手续。”根据上述规定，在城乡规划区内进行工程建设，应当依法办理规划报建手续。

（三）明显不当，依法应予撤销。本案中，两原告在1989年建设一栋一层砖瓦结构房屋，建基面基约45平方米，建筑面积约45平方米。在1997年对该房屋进行改扩建，扩建面积约9平方米并对楼面进行浇灌混凝土，涉案房屋现状为一栋一层，砖混结构，建基面积约55平方米，建筑面积约55平方米。两原告未能提供相应规划报建手续。岭头公司前身为广州市国营岭头农场，成立于1958年3月，农场土地来源为茅坦、岭头、羌洞集体土地，村集体劳动人口转为农场全民农业职工，2000年岭头公司取得《国有土地使用证》；从成立到2003年期间，岭头地区农场职工、原著村民的户籍均为全民农业户口，既不能像农村村民一样办理宅基地证，也不能向城镇居民一样办理房产证；经岭头社区居民委员会核实，涉案房屋属于历史遗留。在案证据显示，该房屋所在地块现已纳入萝岗街岭头公司旧村全面改造项目范围。原告陈述其家庭的房屋已经过测量，并明确表示认可测量结果及涉案旧村改造方案、安置补偿方案，基于开发商尚未确定等原因，涉案旧村改造项目尚未进入签订协议阶段。被诉违建处理决定并未综合考量涉案房屋的形成时间、户籍情况、农场土地性质及农场居民身份特殊性等因素，迳行以涉案房屋属于违法建设为由责令原告限期自行拆除整栋房屋，明显不当，依法应予撤销。

综上所述，原告请求撤销被诉违建处理决定，本院予以支持。

依照《行政诉讼法》第七十条第（六）项的规定，判决如下：撤销被告广州市黄埔区城市管理和综合执法局于2021年10月13日作出的穗综埔违建处字[2021]第36-052号违法建设行政处理决定。