对如何处理历史遗留问题，目前国家给出的主要政策和办法是：1、通过补办用地手续和确权登记合法化；2、对在农村乱占耕地建房专项整治中摸底排查、登记上账的存量违法用地问题，提出试点先行，分类分步，稳妥处置，没要求各地对存量问题开展大规模、大范围集中整治，当前主要工作重点是管住新增，遏制增量。

二、正常情况下补办手续处理办法

2022年8月2日，自然资源部印发《关于积极做好用地用海要素保障的通知》提出：建设项目使用城镇低效用地的，可以继续按照《关于深入推进城镇低效用地再开发的指导意见（试行）》（国土资发〔2016〕147号）有关规定执行。

1、用地行为发生在1986年12月31日之前的：由市、县人民政府土地行政部门出具符合土地利用总体规划的审核意见书，依照原国家土地管理局发布的《确定土地所有权和使用权的若干规定》进行确权后，由市县人民政府办理土地确权登记发证手续。

2、用地行为发生在1987年1月1日至1998年12月31日之间的：符合土地利用总体规划，已与农村集体经济组织或农户签订征地协议并已落实，且未因征地补偿安置等问题引发纠纷、迄今被征地农民无不同意见的，依照1988年修订的《土地管理法》有关规定，落实处理(处罚)措施后按土地现状办理征收手续。

3、用地行为发生在1999年1月1日至2009年12月31日之间的：符合土地利用总体规划，已与农村集体经济组织或农户签订征地协议并已落实，且未因征地补偿安置等问题引发纠纷、迄今被征地农民无不同意见的，按照1998年修订的《土地管理法》有关规定，缴纳耕地开垦费和新增建设用地土地有偿使用费，落实处理(处罚)措施后办理土地转用征收手续。

原国土资源部印发的《关于进一步加快宅基地和集体建设用地确权登记发证有关问题的通知》（国土资发〔2016〕191号）提出：非本农民集体成员因扶贫搬迁、地质灾害防治、新农村建设、移民安置等按照政府统一规划和批准使用宅基地的，在退出原宅基地并注销登记后，依法确定新建房屋占用的宅基地使用权。
1、1982年《村镇建房用地管理条例》实施前：非农业户口居民（含华侨）合法取得的宅基地或因合法取得房屋而占用的宅基地，范围在《村镇建房用地管理条例》实施后至今未扩大的，可按实际使用面积予以确权登记。
2、1982年《村镇建房用地管理条例》实施起至1999年《土地管理法》修订实施时止：非农业户口居民（含华侨）合法取得的宅基地或因合法取得房屋而占用的宅基地，按照批准面积予以确权登记，超过批准的面积在登记簿和权属证书附记栏中注明。