尊重农村村民意愿，是指在农村宅基地房屋征收过程中，坚持农民主体地位，把选择权、决策权交给农民，充分听取、尊重并保障农民的真实意愿，不搞强迫命令和“一刀切”。

《土地管理法》第48条在规定征收农村村民住宅中规定“尊重农村村民意愿”，问题来了“尊重农村村民意愿”的核心含义是什么呢？核心含义是：在宅基地房屋征收补偿等涉及农村村民切身利益的事项中，充分尊重被征收宅基地房屋的产权人，即农村村民的自主选择权，保障其合法权益，严禁任何形式的强迫命令和“一刀切”。具体体现在以下主要方面：

一、 农村村民住宅（宅基地房屋）征收补偿中的意愿得到尊重。

农民是农村发展的主体和直接受益者，尊重村民意愿要求将选择权、决策权交还农民，让农民成为集体土地征收和宅基地房屋征收等涉农事务的参与者和决策者，而不是被动接受者。

在宅基地房屋征收补偿等涉及农民切身利益的事务中，必须严格遵循“自主自愿”原则，充分尊重农民的自主选择，严禁以行政命令、强迫手段或“替民做主”的方式剥夺农民的意愿。

补偿方式自主自愿选择：在宅基地房屋被征收时，被征收农村村民有权根据自身实际情况，自主选择重新安排宅基地建房、提供安置房或货币补偿等方式，征收方不得强迫被征收农村村民接受单一的补偿方式。

保障居住权益：补偿方案必须尊重村民意愿，确保“居住条件有改善”，保障村民的居住权利和合法的住房财产权益。

二、集体土地征地程序与协商中的意愿尊重

协商与听证：在集体土地征收过程中，政府拟定补偿安置方案时，必须充分听取被征地村民的意见；多数村民对方案有异议的，应当组织听证，并根据村民意见修改方案。

协议自愿：在征地补偿安置过程中，政府应当与村民平等协商，尊重村民的协商意愿，对个别难以达成协议的，不得强迫，应依法作出补偿安置决定。

综上，该原则旨在将选择权交给农民，保障村民在集体土地征收和宅基地房屋征收等权益相关事项中的知情权、参与权和选择权，维护农民的主体地位和合法权益，维护农村社会的和谐稳定。